Kvůli záplavám od rána nejezdí metro v úsecích Dejvická - Muzeum, Českomoravská - Smíchovské nádraží a Kobylisy - Muzeum. Za linky A a B jsou v uzavřených úsecích nasazeny náhradní tramvajové linky X-A a X-B, namísto linky C náhradní autobusová linka X-C. Náhradní linky jsou pokud možno vedeny v trase metra. V úseku Pražského povstání - Muzeum jezdí jen některé vlaky v intervalu  deset minut.

"Linka X-C je poměrně přetížená, a proto nyní hledáme další řešení. Linky X-A a X-B ale situaci zvládají a dodržují interval čtyři minuty," řekla mluvčí dopravního podniku Aneta Řehková. Nasazeno bylo 50 posilových autobusů a 60 tramvají.

V deset dopoledne byla uzavřena i tramvajová trať z Modřan do Braníka, po které jezdila posílená linka číslo 3. Podle krizového štábu není za tuto tramvajovou linku adekvátní náhrada. Mimo provoz jsou tramvajové linky 4, 5, 6, 8, 14, 17, 24.

Informace o náhradních spojích cestujícím poskytují pracovníci dopravního podniku, kteří v reflexních vestách stojí před vstupy do uzavřených stanic metra.

Obnoveny by mohly být autobusové linky vedoucí přes Hostivařské náměstí, které byly kvůli rozvodněnému Botiči odkloněné přes Petrovice na Chodov. Protože hladina Botiče klesla, uvažuje krizový štáb o vrácení autobusů 177 a 181 na původní trasy.

Posíleny jsou také spoje příměstské železniční dopravy. V úseku Vysočany - Praha hlavní nádraží - Smíchov jsou zavedeny mimořádné spoje, aby byl zajištěn interval vlaků zhruba 15 minut jako náhradní doprava za přerušený provoz metra B. Kvůli zaplavenému nástupišti ale nezastavují vlaky v železniční stanici Praha - Velká Chuchli.

Výjimkou je zrušená železniční linka S8 z Prahy do Čerčan přes Vrané nad Vltavou.

Problémy s příměstskou dopravou 

"V příměstské dopravě okolo Prahy je situace nejsložitější jižně od Prahy, kde je neprůjezdná Strakonická a silnice 102 podél Vltavy," uvedl Filip Drápal, mluvčí organizace Ropid, která organizuje pražskou integrovanou dopravu.

Z oblasti Mníšku pod Brdy jezdí autobusy odklonem na vlaky S7 do Dobřichovic, z oblasti Štěchovicka je v provozu pouze linka 338 z Pikovic přes Jílové na Budějovickou. Linka 361 od Nového Knína a Slap je odkloněna také do Dobřichovic na vlak S7. "V ostatních oblastech je provoz autobusů v rámci možností zachován," uvedl Drápal.

Důvodem je neprůjezdná Strakonická ulice. Silnice, která je hlavní spojnicí mezi Prahou, Příbramí a dále jihem Čech, musela být uzavřena, je pod vodou.