Flores byl před dvěma lety obviněn ze zpronevěry 5,3 miliónů dolarů (přes 105 miliónů korun) ze státních peněz, které se údajně dopustil mezi lety 1999 až 2004, kdy zastával úřad hlavy státu. Pro svou potřebu také údajně použil dar ve výši deseti milionů dolarů, který před 12 lety Salvadoru věnoval Tchaj-wan.

Sám Flores tvrdil, že tento dar dostal osobně od východoasijské země a vzápětí peníze rozdělil na financování různých státních projektů. Důkazy pro své tvrzení však exprezident nepředložil.

Flores byl členem pravicové Národní republikánské aliance, která vládla zemi dvě desetiletí do roku 2009, než byl zvolen levicový prezident Mauricio Funes. Za jeho vlády zahájily salvadorské úřady vyšetřování exprezidenta, na jehož podezřelé finanční opereace loni středoamerickou zemi upozornilo ministerstvo financí USA.