Podle komise mělo ministerstvo zemědělství kontrolovat všechny investice, podle názoru českého státu jenom zlomek z nich. Česká strana se domnívá, že kontroly prováděla řádně, jak jí uložila evropská legislativa. Proto se chce u soudu bránit.

Půjde tak o druhou žalobu v krátké době. Vláda na začátku června schválila, že se ČR bude soudit u Evropského soudního dvoru kvůli vracení zemědělských dotací. ČR má vrátit do rozpočtu unie přibližně 800 miliónů korun kvůli nedodržení dotačních pravidel u zemědělců. Peníze už byly vyplaceny zemědělcům a podle předchozích vyjádření ministra zemědělství Mariana Jurečky (KDU-ČSL) je nebudou muset vracet. Unie o tuto částku zkrátí budoucí platby.

Částka, kterou Evropská komise požaduje po Česku vrátit, představuje v průměru 0,93 procenta přímých plateb za příslušné období. Evropský audit Česku například vytkl, že inspektoři České plemenářské inspekce nekontrolovali, zda mají zemědělci aktualizovaný stájový registr prasat, skotu, ovcí a koz, nebo zda včas hlásili přesuny zvířat.