Vstupem do Schengenu se zruší kontroly na vnitřních hranicích mezi starými a novými členskými státy EU a mezi novými členskými státy navzájem. Už v září začne v Česku ostré testování systému, řekl počátkem června při projednávání novely v Senátu ministr vnitra Ivan Langer (ODS). Uvedl tehdy, že vláda považuje vstup do schengenského prostoru za svou prioritu a na jeho ministerstvu vznikl tým, který bude finální práce řídit.

Kvůli přípravě Schengenského informačního systému (SIS) bylo nutné upravit například zákon o policii, celní zákon, zákon o pobytu cizinců a další předlohy. Novela například dává české policii odpovědnost za provoz systému a možnost využívat informace, které SIS obsahuje, v trestním řízení. Policie by také měla mít možnost ověřovat služební a diplomatické pasy.

SIS je speciální informační systém, který obsahuje údaje o hledaných a pohřešovaných osobách, lidech, kterým má být odepřen vstup a pobyt na území členských států, hledaných autech, střelných zbraních, odcizených nebo ztracených dokladech. K údajům vedeným v systému má přístup policie, celní a justiční orgány, úřady odpovědné za ochranu hranic a v omezené míře také například úřady vydávající víza.

Koncem května rakouský ministr vnitra Günther Platter zapochyboval o úplném otevření hranic k 1. lednu 2008. Naznačil, že Rakousko bude s rozšířením prostoru volného cestování souhlasit jen na základě plnění všech "schengenských standardů". Dosavadní připravenost Česka v tomto ohledu označil nicméně za relativně dobrou. Hůř je podle něj připraveno Slovensko, i to ale postupně odstraňuje nedostatky, které by mu mohly v úplném otevření hranic zabránit.