Fakulta s děkanátem ve Vodňanech počítá s kapacitou pro 250 až 300 studentů. Teď je naplněna zhruba z poloviny a má 79 zaměstnanců. Základem v pořadí osmé fakulty univerzity jsou dva ústavy. Vedle vodňanského je jejím pracovištěm českobudějovický Ústav akvakultury (ÚA), který se specializuje na vodohospodářství, ochranu vod, rybářské obhospodařování volných vod a rekreační rybářství.

Cílem nově založené fakulty je podle mluvčí efektivnější využití vědeckého a pracovního potenciálu univerzity v napojení na další instituce, jako jsou Akademie věd ČR, Jihočeský kraj, Rybářské sdružení ČR či podniky Povodí.

V akademickém roce 2009/2010 bude na Jihočeské univerzitě studovat 12.820 studentů. V prvních ročnících bakalářských a magisterských oborů je nově zapsáno 3764 studentů. Do prvních ročníků navazujících magisterských oborů jich pak nastoupilo 693. Největší počet studentů - 3705, navštěvuje pedagogickou fakultu, na dalších příčkách jsou zdravotně sociální fakulta s 2369 studenty a ekonomická fakulta s 1877 studenty. Na fakultě rybářství a ochrany vod studuje 132 studentů. V Ústavu fyzikální biologie JU v Nových Hradech, který je devátou součástí univerzity, studuje 32 doktorandů.