Stalo se tak necelý půlrok po okupaci Československa vojsky zemí Varšavské smlouvy. Chtěl tímto drastickým činem vyburcovat veřejnost, která začala upadat do letargie a smířlivosti s dalším vývojem.

V dopise, který zanechal, naléhal na to, aby byly učiněny kroky na záchranu posledních zbytků demokracie. "Vzhledem k tomu, že se naše národy ocitly na okraji beznaděje, rozhodli jsme se vyjádřit svůj protest a probudit lid této země následujícím způsobem: Naše skupina se skládá z dobrovolníků, kteří jsou odhodláni se dát pro naši věc upálit. Já jsem měl tu čest vylosovat si jednotku...," napsal. Dodnes není zcela zřejmé, byl-li Jan Palach skutečně členem nějaké skupiny, své následovníky, například Jana Zajíce, ale našel.

Podle disidentky Dany Němcové v roce 1969 vnímala většina společnosti Palachův čin jako apel. "Nevím, jakou cenu dneska má svoboda pro většinu lidí, tohle ale opravdu byl heroismus," dodala. Apelativní, avšak sebezničující čin několika mladých lidí byl velmi radikální, (...) někomu stojí za to, aby třeba i svůj život nasadil s ohledem na druhé, kteří by to měli vnímat podle mého mínění jako znamení,"  soudí Němcová. Palachovo sebeobětování, ke kterému se chystal řadu měsíců, zvedlo vlnu odporu, ovšem jen dočasnou.

Průvodu se zúčastnilo 200 000 lidí

Bezprostředně po jeho činu začali na Václavském náměstí držet mladí lidé protestní hladovku za splnění Palachových požadavků, záhy se k nim připojili další i jinde v zemi. Na Václavském a Staroměstském náměstí se konaly mítinky, na nichž lidé vyjadřovali podporu jeho poselství. Budoucí normalizátoři ve vedení komunistické strany ale naopak hovořili o zneužití Palachova protestu "antisocialistickými silami".

Jan Palach zemřel 19. ledna 1969 ve dvaceti letech a jeho pohřeb v Praze o šest dní později se stal velkou manifestací za svobodu a demokracii. Smutečního průvodu Starým Městem se tehdy zúčastnilo na 200 000 lidí. Normalizační moc se Palachovu památku snažila všemožně potlačit. Jeho hrob na Olšanských hřbitovech střežila Státní bezpečnost se snahou bránit lidem, aby k němu ve výroční dny kladli květiny. Nakonec byly v roce 1974 Palachovy ostatky exhumovány a přemístěny do Všetat u Prahy, kde žila jeho rodina. Na Olšany se urna s jeho popelem vrátila až v roce 1990.

Jeho čin ale nikdy nebyl zapomenut, ba spíše naopak. Skutek mladého studenta historie z ledna 1969 došel naplnění o 20 let později během "Palachova týdne", který předznamenal konec totalitního režimu v Československu.