Hagan nicméně už 22 let využíval výhod takzvané poloviční svobody, kdy ve věznici na Manhattanu musí strávit jen dva dny v týdnu. Jeho dva společníci při vraždě černošského aktivisty byli propuštěni už v roce 1980.

Hagan se přiznal, že v roce 1965 spolu s dalšími dvěma komplici zavraždil významného afroamerického představitele černých muslimů v USA, mluvčího hnutí Černí muslimové a bojovníka za práva černochů Malcolma X. Atentát se uskutečnil 21. února 1965 v newyorské čtvrti Manhattan. Během setkání Organizace pro afroamerickou jednotu v divadle Audubon Ballroom byl Malcolm X zastřelen celkem šestnácti ranami z pistole. Atentát ve své době vzbudil obrovský ohlas na celém světě.

Podobně jako tomu bylo u atentátu na Johna Fitzgeralda Kennedyho se i v případě zavraždění Malcolma X vynořily nejrůznější spekulace o tom, kdo za akcí stál. Stejně jako v případě Kennedyho vraždy v Dallasu se spekulovalo o roli FBI či CIA. Hagan nicméně podle AP tvrdil, že Malcolma X zabil kvůli jeho roztržce s organizací Islámský národ. Z ní černošský aktivista v březnu 1964 vystoupil a stal se sunnitským muslimem, členové Islámského národa ho proto považovali za zrádce víry.