Po vypuknutí války přišel Hoover s plánem zatknout a zadržet osoby, které jsou potenciálně nebezpečné pro vnitřní bezpečnost země. S ideou přišel za poradcem prezidenta Harryho Trumana pro vojenství a zahraničí, admirálem Sidneyem Souersem, který byl také prvním ředitelem CIA.

FBI strávila roky na tom, aby sestavila seznam 12 000 podezřelých jmen, z nichž 97 procent byli Američané.

„Hoover měl karty, kde měl záznamy o tom, co lidé řekli, když kritizovali vládu, když to byli pacifisti, nebo když znali komunisty," tvrdí historik a spisovatel Ronald Kessler.

Plán na zatýkání neprošel
Souers však plán nedoporučil, i když jeho součástí byla připravená rezoluce, kterou by schvaloval kongres, aby bylo možné zadržet lidi i bez jasných důvodů. Podle pravidla "habeas corpus" zakotveného v ústavě nelze zatknout lidi bez jasného důvodu, výjimkou je pouze vzpoura nebo invaze. Hoover k tomu přidal další dvě výjimky - hrozba invaze a útok na americké vojáky na legálně obsazeném území.

Habeas corpus, který zaručuje americké ústava tak porušil až současný americký prezident George Bush, který umožňuje bez jasného obvinění zadržovat na 300 nepřátelských bojovníků z války v Afghánistánu na základně Guantánamo. V tomto případě se však jedná o cizince.