Pixies založili kytarista Joey Santiago a zpěvák Black Francis (vlastním jménem Charles Michael Kittridge Thompson IV), kteří hledali basistku mající zájem o folk i hard core noise. Tou se stala Kim Deal, jejíž manžel David Lovering usedl za bicí.

Skupina se prosadila v druhé polovině devadesátých let, když na deskách Come On Pligrim a Surfer Rosa kombinovala punk s garážovým rockem a surfrockem a prvky kytarového noise. Později zvuk učesali a záběr rozšířili o prvky nové vlny, které se objevily na nejúspěšnější desce Doolittle, jedné z nejsvěžejších nahrávek konce osmdesátých let.

Skupina se rozešla v roce 1992 po vydání desky Trompe Le Monde, k čemuž přispělo i rostoucí napětí mezi Blackem a Kim. Na sólovou dráhu se vydal nejen zpěvák a kytarista a autor většiny písní Black Francis, který se přezval na Franka Blacka a přišel s řadou sólových desek, ale i baskytaristka Kim Deal, která působila se svou sestrou Kelly a zpočátku i s Taynou Donelly v úspěšných The Breeders, posléze v The Amps. Kytarista Joey Santiago většinou doprovázel Blacka.

V roce 2004 se skupina sešla, aby odehrála extrémně úspěšné vzpomínkové turné. To bylo označeno za comeback rocku, lístků se prodalo za 14 miliónů dolarů. Tehdy taky natočila novou píseň Bam Thwok. Skupina koncertovala i v dalších letech, v roce 2006 zahrála v Praze, a Frank opakovaně uváděl, že by mohla natočit i novou desku. To se však nestalo, protože to nechtěla Kim.

Letos v květnu Kim odešla, na evropském turné ji nahradí Kim Shattuck. Skupina také překvapivě zveřejnila novou píseň, což dává naději, že by se přece jen mohlo objevit nové studiové album Pixies.