Devětatřicetiletá Gillian randí s Markem již dva roky. O svatbě zatím neuvažují, přesto chtějí mít velkou rodinu. Společně vychovávají také hereččina třináctiletého syna Pipera, kterého si Andersonová pořídila ve svém prvním manželství s uměleckým vedoucím Clydem Klotzem, s nímž žila v letech 1994 až 1997.

Gillian se podruhé provdala v roce 2004, s manželem Julianem Ozannem ale nežije, ačkoli stále nejsou rozvedeni. Andersonová se na plátnech kin objeví v červenci ve filmu The X-Files: I Want To Believe, opět po boku Davida Duchovnyho. V Česku bude snímek pod názvem „Akta X: Chci uvěřit“ uveden do kin 24. července.