Mnohé z těchto projektů vyvolaly nesouhlas veřejnosti, proti se v některých případech stavěli i památkáři. Nejsledovanější byla zřejmě chystaná výstavba na místě dnešních kolejí na Masarykově nádraží.

Některé středočeské obce se obávaly toho, že by nádraží mohlo být zrušeno a spojení středních Čech s hlavním městem by se zkomplikovalo. Zeleným zastupitelům z Prahy 3 zase vadila plánovaná přestavba Nákladového nádraží Žižkov.