Kontrola byla zaměřena na dotační program na léta 2014 až 2020, konkrétně „na část těchto dotací poskytovaných z tzv. opatření 'Spolupráce'”, kde je připraveno 3,8 miliardy korun. Dotace jsou určeny na posílení výzkumu, technologického rozvoje a mají pomoci malý a středním podnikům.

Podle NKÚ bylo více než 2,8 miliardy korun vyčleněno na jednu konkrétní oblast – na podporu vývoje při zpracování zemědělských produktů, „kde většinu schválených žadatelů o dotace představovaly velké potravinářské firmy”, které mohly žádat o peníze bez omezení a opakovaně.

U prověřených 46 projektových žádostí přitom představovaly výdaje na vědu a výzkum přibližně jedno procento.

Rozdělování peněz pro malé a střední podniky podle kontrolorů nefunguje. Nejsou jasně daná pravidla pro hodnocení projektů a proces není transparentní. „Problematické je i to, že odvolání některých neúspěšných žadatelů o dotace posuzovala stejná komise, která původně rozhodla o tom, že na dotaci nemají nárok,” popsal NKÚ.

Do konce roku 2017 navíc proplatilo ministerstvo zemědělství pouhých pět projektů za 186 miliónů korun. Uzavřeno bylo 85 dohod o poskytnutí dotace.

Největší českou zemědělskou a potravinářskou firmou je holding Agrofert, který prostřednictvím svěřenského fondu patří současnému premiérovi v demisi Andreji Babišovi (ANO). V tabulce opkaovaných žadatelů o dotace figurují firmy spadající pod Agrofert několikrát (Kostelecké uzeniny, Olma, Vodňanská drůbež).

Podpora vývoje nových produktů, postupů a technologií při zpracování
zemědělských produktů a jejich uvádění na trh (opakovaně žádající žadatelé)
žadatel
celkem požadovaná výše dotace (v Kč)
FRUTA Podivín, a.s.82 500 000
Kostelecké uzeniny a.s.194 437 500
Madeta a.s.225 000 000
OLMA, a.s.179 500 000
Polabské mlékárny a.s.195 515 000
Slovácká Fruta, a.s.78 000 000
Vodňanská drůbež, a.s.203 000 000
ZEMAN maso-uzeniny, a.s.223 000 000
zdroj: NKÚ