Novela z roku 2005 prý zasáhla do práva církví zřizovat podle vlastních norem duchovní a jiné instituce, třeba charity, diakonie, školy či zdravotnická zařízení. Spory vzbuzovala část novely, podle které stát eviduje církví zřízené právnické osoby.

Zastánci zákona, především sociální demokraté a komunisté, při projednávání uváděli, že i církve musejí jednat a zakládat své organizace podle právního řádu České republiky.

Odpůrci naopak tvrdili, že povinnost evidence narušuje nezávislost církví, je nedemokratická a protiústavní a situaci náboženských společenství navrací před rok 1990.

Proti novele se postavila Česká biskupská konference, Ekumenická rada církví i Česká katolická charita. Olomoucký arcibiskup Jan Graubner uvedl, že novelu chápe jako zaujetí nepřátelského postoje vůči věřící třetině obyvatel země.

Normu přijal Senát, ale levice v Poslanecké sněmovně horní komoru parlamentu přehlasovala. Zákon podepsal i prezident Václav Klaus, což kardinál Miloslav Vlk označil za neústavní krok.

Pod návrh na zrušení novely podaný Ústavnímu soudu se podepsalo 25 tehdejších senátorů. Kromě všech 14 lidovců připojili podpisy i čtyři zástupci ODS, šest lidí z Klubu otevřené demokracie a Jitka Seitlová z frakce SNK. tmd mol