Nový motor má zdvihový objem 1248 ccm, jedná se o vznětový čtyřválec s výkonem 55 kW (75 k), kterého motor dosahuje při 3750 otáčkách. Točivý moment má hodnotu 190 Nm a je k dispozici od 1750 otáček.

Nejvyšší rychlosti dosahuje Peugeot Bipper 1,3 HDI 155 km/h a průměrná spotřeba je podle údajů výrobce 4,3 litru na sto kilometrů. Vozidlo má s daným agregátem pohotovostní hmotnost 1090 kilogramů, užitečná hmotnost je dimenzována dobře a činí 660 kilogramů. Cena za verzi 1,3 HDI začíná na 316 300 korunách.

S motorem je spřažena pětistupňová manuální převodovka. Motor plní emisní normu Euro 5. Peugeot Bipper sdílí stejnou techniku s Citroënem Nemo a Fiatem Fiorino.