Z kontrol rovněž vyplynulo, že ministerstvo dopravy a Státní fond dopravní infrastruktury (SFDI) nemají z hlediska finančních možností v modernizaci železnice jasně stanovené priority. Projekty se oproti smlouvám prodražily o osm až 19 procent.

NKÚ dále uvedl, že v průběhu přípravy a modernizace železničních uzlů se významně měnily finanční a časové parametry projektů. Problematické jsou i nejasně rozdělené rozhodovací pravomoci mezi ministerstvem a SFDI. "Modernizaci železnice nejvíce komplikuje nastavení financování projektů - peníze na ně se totiž rozdělují vždy jen na jeden rok, aniž by byly zajištěny prostředky na roky další," uvedl NKÚ. Projekty jsou přitom převážně otázkou více let, někdy i desetiletí.

Pronájem myčky se vyplatí po 75 letech

Ministerstvo dopravy například v rámci projektu modernizace odstavného nádraží v Brně dodatečně schválilo vybudování myčky vagónů. Kontrolorům ale nepředložilo žádný doklad, který by prokazoval ekonomickou efektivnost a návratnost této investice.

"Myčku Správa železniční dopravní cesty (SŽDC) postavila za 305,7 miliónu korun. V roce 2011 ji pak pronajala soukromé společnosti za čtyři milióny korun za rok. Investiční náklady na postavení myčky by se tak bez započtení inflace a jejího opotřebení měly SŽDC vrátit za 75 let," uvedl NKÚ.

Nedostatky kontroloři zjistili i v zadávání veřejných zakázek. SŽDC u kontrolovaných projektů zadávala dodatečné stavební práce v jednacím řízení bez uveřejnění, aniž by prokázala splnění všech zákonných podmínek. U jedné nadlimitní zakázky neoprávněně zkrátila lhůtu na podání nabídek.