Zdravotní ústavy spadají pod ministerstvo zdravotnictví, které je zatím ročně dotovalo asi pěti milióny korun. Od centralizace si resort slibuje příliv zisku. Dva nové útvary navíc mají podle ministerstva větší šanci uspět ve výběrových řízeních na velké zakázky.

Změny se nelíbí některým krajům. Proti zrušení místního zdravotního ústavu se staví například Ústecký kraj, Středočeský kraj zase odmítá možné slučování pracovišť krajských hygienických stanic. Nynějších 59 pracovišť nebude totiž už v zákoně jmenovitě uvedeno.

Ministerstvo v předchozích letech vytvořilo pro administrativně technické činnosti ze 14 zdravotních ústavů sedm celků, státnímu rozpočtu to uspořilo 600 miliónů korun ročně. Kvalita analýz zdravotních ústavů pro krajské hygienické stanice tím neklesla.

Zdravotní ústavy zakotvila novela od ledna 2003. Hygienická služba se tehdy rozdělila na správní úřady (krajské hygienické stanice) a laboratorní a ostatní kapacity soustředěné do zdravotních ústavů. Skončil tím stav, kdy jedna organizace zajišťovala státní zdravotní dozor a současně poskytovala placené služby subjektům, které měla kontrolovat.
Zdravotní ústavy v krajích se lišily vybavením, počtem lidí i kapacitami, nejmenší ústav v Karlových Varech měl při vzniku 43 lidí, největší v Ostravě 566. Zdravotní ústavy dostaly za úkol při státním dozoru měřit složky životních a pracovních podmínek, například odebírat a vyšetřovat vzorky pitné vody a vody koupališť a testovat výrobky.
Podle ministerstva využívá státní zdravotní dozor jen 15 až 20 procent výkonu zdravotních ústavů, zbývající kapacity nabízejí ústavy na trhu služeb, kde svádějí boj o zakázku, často za nižší cenu než konkurence. Z příjmů za diagnostiku, například viru chřipky či viru HIV, kterou platí zdravotní pojišťovny, dotují ústavy ostatní činnosti.
V letech 2008 a 2009 proto ministerstvo zahájilo organizační změny. Spojením do sedmi celků klesly náklady na administrativu i konkurence zdravotních ústavů na trhu služeb. Usnadnilo se plnění zakázek přesahujících kapacity jednoho ústavu. Dokončení transformace umožní dnes schválená novela.