Karadžić byl obžalován z válečných zločinů a genocidy v Bosně v první polovině 90. let. Je považován za hlavního iniciátora a viníka válečných zločinů, kterých se srbská strana za války dopustila.

Šlo zejména o jeho odpovědnost za masakr ve Srebrenici, při němž Srbové povraždili přes 8000 muslimských mužů a chlapců. Karadžić stále tvrdí, že o masakru nevěděl. Obviněn byl také z iniciování etnických čistek nebo z událostí při obléhání Sarajeva, kde zahynulo asi 10 tisíc lidí.

Čtěte také:
V Bosně zatkli osm Srbů podezřelých ze zabití 120 muslimských mužů během války
Karadžić je vinen genocidou ve Srebrenici, odsoudili ho na 40 let
Karadžič přiznal politickou odpovědnost, odmítl trestní

Svou vinu popírá, v odvolání poukázal na „věcná a procesní chybení“, jež podle něj vedla k jeho nesprávnému odsouzení. Navrhl proto zrušení rozsudku nebo aspoň snížení trestu.

Po skončení války se 13 let skrýval. Srbská policie ho dopadla v roce 2008. Proces začal v říjnu 2009 a trval téměř 500 dní.