V březnu 1999 dostalo slovenské ministerstvo zahraničí žádost o povolení přeletu letadel nad územím Slovenské republiky. Severoatlantická aliance poté v oficiální nótě požádala slovenskou vládu o poskytnutí vzdušného prostoru „pro výkon vzdušné operace nad teritoriem Jugoslávské svazové republiky“. Dzurindův kabinet na svém zasedání dne 24. března 1999 toto povolení udělil.

Slovenská republika v tom čase ještě nebyla členem NATO, vstoupila do něj až  29. března 2004, takže její případ je jiný než u ČR, která byla spolu s PolskemMaďarskem přijata do Aliance 12. března 1999. Dzurindův kabinet udělení povolení odůvodnil „zabráněním humanitární katastrofy v jugoslávské oblasti Kosovo“.

NATO mělo při plánování operace Allied Force, jak se nazývalo bombardování Jugoslávie zahájené 24. března, obavy, že pro dostatečně silné letecké útoky nebudou stačit vzdušné koridory z Itálie. Proto potřebovalo zajistit možnost útoků na Jugoslávii ze severu, kdy bombardéry letěly přes ČR, SR a Maďarsko.

Harabin ve svém podání označil „bombardování nevinného civilního obyvatelstva“ za zločin proti lidskosti. „Bombardování Jugoslávie trvalo tři měsíce a vyžádalo si životy 2000 civilistů, způsobilo na některých místech zvýšenou radioaktivitu a obrovské materiální škody. Argument vlády SR o snaze zabránit humanitární katastrofě vyznívá přinejmenším cynicky,“ konstatoval Harabin.

První Dzurindova vláda byla u moci od roku 1998 do roku 2002.