Soud rozhodoval v Šešeljově nepřítomnosti. Šešelj, který prohlašoval, že je nevinný, návrat do Haagu odmítal, ačkoliv se v roce 2003 haagskému tribunálu sám dobrovolně přihlásil.

Proces s ním začal v roce 2007 a soudní jednání skončilo o pět let později. Vynesení verdiktu se z procesních důvodů protahovalo a Šešelj byl v listopadu 2014 dočasně puštěn do Bělehradu kvůli léčbě rakoviny střev a jaterních metastáz. Závazek, že se vrátí, odvolal hned po příletu do Srbska. ICTY pak na srbskou vládu marně naléhal, aby Šešelje vydala zpět.

Letitý vůdce srbských radikálů byl obžalován ze zločinů proti lidskosti a z porušení válečného práva nebo válečných zvyků. Obžaloba se týkala zejména zločinů spojených s etnickými čistkami, které Šešelj podle žalobců podněcoval a podporoval. Jednalo se mimo jiné o vraždu, mučení, sexuální násilí a ničení majetku.

Šešelj patřil od začátku ozbrojených srážek v někdejší Jugoslávii k nejhorlivějším zastáncům myšlenky Velkého Srbska, které mělo podle jeho představ zabírat prakticky celou Jugoslávii až na Slovinsko a část Chorvatska. Jím podporované dobrovolnické jednotky se zapojily do ozbrojených srážek jak v Chorvatsku a v Bosně, tak později v Kosovu. Šešelj se uplatnil i v bělehradské politice, kde dodnes patří k největším jestřábům.
Byl považován za „muže na špinavou práci” Slobodana Miloševiče, s někdejším jugoslávským a srbským prezidentem Miloševičem měl ovšem poněkud rozporné vztahy. Ty se pohybovaly od takřka bezvýhradné podpory až po otevřenou roztržku v polovině 90. let, kdy Šešelj nesouhlasil s mírovým plánem pro Bosnu; po obvinění z válečných zločinů ho tehdejší bělehradská vláda dokonce poslala na pár měsíců do vězení.
Koncem 90. let byl ale dlouholetý předseda Srbské radikální strany (SRS) opět Miloševičovým spojencem, mezi roky 1998 a 2000 byl místopředsedou srbské vlády. Po svržení Miloševičova režimu v říjnu 2000 se Šešelj stal neoficiálním vůdcem srbského nacionalistického hnutí. Svou extrémně nacionalistickou stranu vede nepřetržitě od roku 1991; v jejím čele formálně stál i v letech 2003 až 2014, kdy pobýval ve vězení ICTY.
Z řad Srbské radikální strany vzešel i současný srbský prezident Tomislav Nikolić a premiér Aleksandar Vučić. Oba se ale se Šešeljem před lety rozešli.