Ba´asyr je souzen za to, že měl v roce 2000 nechat zapálit desítky křesťanských kostelů a způsobil tak smrt 19 lidí. A také za to, že je duchovním vůdcem organizace Jemaah Islamiah, považované za součást světové sítě teroristů. Ba´asyir měl podle obžaloby také nařídit atentát na prezidentku Megawati Sukarnoputriovou, což ale údajně Mukhlas odmítl jako neproveditelné.

Mukhlas se označil za regionálního vůdce operací této organizace, neupřesnil však, jak velký je jeho "region". Za smysl svých operací označil džihád, což je podle jeho slov válka proti "nevěřícím". Jak řekl, jeho přání bylo, aby se svět změnil v jednu jedinou muslimskou zemi.