Krejčík začínal za druhé světové války jako statista na Barrandově a režií krátkometrážních snímků. Mezi jeho nejznámější tituly patří Vyšší princip, Svatba jako řemen, Pension pro svobodné pány a Božská Ema. Vyzkoušel si i herectví, když se objevil v menších rolích v Menzelových Slavnostech sněženek a v Hřebejkových Pelíšcích.

V roce 1999 obdržel Krejčík Českého lva za dlouhodobý umělecký přínos českému filmu. Převzal také v roce 2001 medaili Za zásluhy a o dva roky později na karlovarském festivalu Křišťálový glóbus za mimořádný umělecký přínos světové kinematografii. Patřil k filmařům, kteří pracovali do pozdního věku. Jeho posledními projekty byly v roce 2010 televizní snímek Osudové peníze a o rok později dokument Dlouhý srpen Jiřího Krejčíka, ve kterém se objevil za i před kamerou.