Vedení policie organizační změnu hájí. Věří tomu, že nový útvar bude z jednoho místa efektivněji bojovat proti zločinu.

Ředitelem NCOZ, které sídlí na Zbraslavi, je Michal Mazánek. Útvar má zatím čtyři sekce. Oddělení boje proti korupci a závažné hospodářské kriminalitě, oddělení boje proti terorismu a extremismu, oddělení boje proti organizovanému zločinu a oddělení zabývající se kybernetickou kriminalitou.

Vznik nového útvaru vyvolal roztržku na politické scéně. Ministr vnitra Milan Chovanec (ČSSD) změny ve sboru podepsal i přes nesouhlas koaličního hnutí ANO, které se obává zejména zastavení vyšetřování závažných kauz. Vedení policie to odmítá.