Lék aplikoval pacientům v množství, které bylo těžko zjistitelné a na první pohled nebylo výrazně podezřelé. Vždy využíval pooperačního stavu lidí, nebo vážně nemocných osob pod prášky.

Množství úmrtí na oddělení však vzbudilo pozornost a lékaři začali pátrat po jejich příčinách. 25. září  nemocnice se Zelenkou rozvázala pracovní poměr dohodou. Primář ARO Pavel Longin podezříval Zelenku a chtěl podezřelá úmrtí pacientů prozkoumat.

Pro přezkoumání okolností úmrtí se nemocnice rozhodla podat trestní oznámení, které 13. října také sepsala. Okresní státní zastupitelství v Havlíkově Brodě přijalo trestní oznámení 17. října a o dva dny později ho postoupilo k dalšímu vyšetřování policii.

Policie v Havlíčkově Brodě dostala trestní oznámení poštou 23. října. Nebylo v něm  výslovně uvedeno, že pacient po podání léku zemřel. Podle policie v něm bylo pouze řečeno, že šlo o nevhodnou aplikaci léku. Vyšetřovatel nabyl dojmu, že nehrozí žádné nebezpečí z prodlení. Začalo prošetřování případu, ale vyšetřovatel na tři týdny onemocněl.

Po třítýdenní nemoci nastoupil kriminalista vyšetřující případ  27. listopadu do zaměstnání a policie se případem začala opět intenzivně zabývat. Do té doby rutinně prověřovala skutečnosti uvedené v trestním oznámení. Následující den požádala policie právničku nemocnice o doplnění informací a podrobnosti.

29. listopadu kontaktoval policii sám primář ARO Pavel Longin. O den později vypověděl, že podezírá právě Petra Zelenku. Policie přistoupila k zatčení, které se uskutečnilo první prosincový den.

Policie podezřelého Zelenku zatkla v pátek 1. prosince v nemocnici v Jihlavě. Zatčení předcházela potyčka. Kriminalisté ho obvinili z osmi vražd a devíti pokusů o vraždu. Zelenka se k vraždám přiznal.

V neděli 3. prosince uspořádala policie tiskovou konferenci, na které informovala veřejnost o případu a zatčení Zelenky. Kriminalisté uvedli, že se jedná o velmi inteligentního člověka, který využíval k vraždění svých znalostí v oboru. Podle slov policistů lituje Zelenka pouze toho, že byl dopaden.

5. prosince odvolal hejtman kraje Vysočina Miloš Vystrčil ředitele havlíčkobrodské nemocnice Josefa Pejchla. Stal se první personální obětí kauzy nemocničních vražd.

Do v Česku ojedinělého případu se nepřímo zapojila také ministerstva. 6. prosince ministr vnitra Ivan Langer vyzval policejního prezidenta Vladislava Husáka, aby prověřil práci policie v tomto případu. Ještě téhož dne nařídil policejní prezident důkladné prošetření práce policistů. Ve stejnou dobu oznámil ministr zdravotnictví Tomáš Julínek, že nechá zřídit speciální komisi, která má prověřit práci zdravotníků v nemocnici.

7. prosince informovala nejvyšší státní zástupkyně Renáta Vesecká, že Okresní státní zastupitelství v Havlíčkově Brodě postupovalo ve věci vražd správně. Podle jí dostupných informací bylo trestní oznámení na neznámého pachatele přijato 17. října a 20. října ho zastupitelství postoupilo k dalšímu vyšetřování policii.

Tentýž den informoval policejní prezident Vladislav Husák, že při vyšetřování případu vznikly průtahy. Nařídil vyhodnocení práce policisty zpracovávajícího trestní oznámení a prověření činnosti policistů v období mezi 13. říjnem a 28. listopadem.

V pátek 8. prosince rozhodl ministr zdravotnictví Tomáš Julínek, po své návštěvě havlíčkobrodské nemocnice, o zřízení dvou vyšetřovacích komisí. Jedna se zaměří na prověření činnosti nemocnice a Zelenkovo působení v nemocnici v minulosti. Druhá se bude věnovat jeho činnosti při měsíčním působení v jihlavské nemocnici.

Zelenkova rodina tento den také změnila advokáta. Vítězslava Menšíka vystřídal Jan Herout. Zelenkův otec v médiích uvedl, že rodina nebyla s prací pana Menšíka spokojena.[celá zpráva]

Nový Zelenkův advokát v sobotu 9. prosince řekl, že Zelenka zabil pacienty proto, že trpí duševní deformací. Bývalý zaměstnanec nemocnice svého jednání podle slov advokáta lituje. [celá zpráva]

Ministr zdravotnictví Tomáš Julínek v neděli 10. prosince řekl v televizi, že poslední obět nemusela zemřít, kdyby nemocnice jednala rychleji. Bývalý ministr David Rath uvedl, že proti předávkování heparinu existuje protilék, který zabírá během desítek sekund, a také to, že předávkování heparinem lze snadno odhalit. [celá zpráva]

Advokátka havlíčkobrodské nemocnice Marie Cupalová se v pondělí 11. prosince odmítla k případu vražd vyjádřit. A to i přesto, že ji ten samý den ráno úřadující ředitel nemocnice zbavil mlčenlivosti. O týden dříve tvrdila, že chce o kauze hovořit, ale nesmí. O den později vydala prohlášení, ve kterém své pochybení v kauze odmítla. [celá zpráva]

Kontrolní orgány východočeské policejní správy v Hradci Králové v úterý 12. prosince uvedly, že policisté v Havlíčkově Brodě v případě vyšetřování případu udělali chybu. Kvůli špatné organizaci práce začali podle kontroly jednat s třítýdenní prodlevou. [celá zpráva]