Univerzita si nechává portfolio spravovat profesionální společností Harvard Management Company (HMC). Její prezidentka a výkonná ředitelka Jane Mendillová řekla, že za propadem hodnoty portfolia jsou především dopady hospodářské krize. Fond totiž nemalé prostředky investuje do cenných papírů, jejichž kurzy prudce klesly.

Postupný pokles hodnoty portfolia školu v posledních měsících donutil k několika nepopulárním krokům, včetně propouštění a zmrazení růstu mezd. Ze školy muselo odejít už 275 zaměstnanců.

Mendillová řekla, že portfolio bylo ovlivněno "extrémní kolísavostí a finanční dysfunkcí". Dodala však, že dlouhodobá výkonnost fondu zůstává dobrá, například výnos za posledních pět let v průměru dosahuje 6,2 procenta ročně, průměr za posledních deset let činí 8,9 procenta ročně.

Správcovská společnost uvedla, že pokles hodnoty portfolia zhruba odpovídá poklesu portfolia ostatních amerických univerzit, i když propad za fiskální rok 2009 dosahuje hrozivých 27,3 procenta. Fond Harvardovy univerzity stále zůstává zdaleka největší ze všech fondů, které mají jiné univerzity.

Zprávu o hospodaření fondu zveřejnila také Yaleova univerzita, jejíž portfolio za poslední fiskální rok (také do konce června) ztratilo 30,4 procenta hodnoty. Ve fondu tak bylo asi 16 miliard dolarů.