Japonské rychlovlaky Šinkanzen zde ovšem jezdit nesmí. S jejich využitím se počítá v roce 2015. S budování hlavní části tunelu se začalo v roce 1971. Používat se začal 13. března 1988.

V současnosti pracují v Seikanu čtyři odsávací jednotky, které udržují tunel v suchu. Kdyby byly všechny najednou vyřazeny z provozu, tunel by se prosakující vodou zaplnil do 78 hodin. Vzduch je do tunelu vháněn ze šikmých šachet, podél hlavního tunelu vede servisní tunel, který slouží i jako nouzová úniková cesta, jak uvedla ČTK.

Podle ní není tunel příliš využíván. Proti cestě letadlem je totiž doprava tímto železničním tunelem dražší a delší. Proto jím denně projede jen 15 vlakových souprav v každém směru.

Seikan bude světovým rekordmanem do té doby, než bude dokončen železniční tunel ve švýcarském masivu Saint-Gothard. Ten by měl mít na 57 kilometrů. Spojovat bude kantony Uri a Tessino. Podle plánů by měl být tunel uveden do provozu v letech 2015 až 2018.