K nestandardnímu zásahu ze strany Němce mělo podle Českého rozhlasu - Radiožurnálu dojít v souvislosti s případem ukradených granátů z vojenského skladu v Rožmitále pod Třemšínem. Ministr podal dvakrát stížnost pro porušení zákona, která napadala stejný rozsudek. V té době však už bylo jasné, že soud první instance se bude muset zabývat případem znovu, protože korunní svědek mezitím změnil výpověď. Nejvyšší soud ministrovu stížnost označil za nepřípustnou.

Další případ se týkal obchodníků s lehkými topnými oleji z Děčína. Podle soudkyně Jany Kurešové podal ministr spravedlnosti v této kauze stížnost pro porušení zákona, aniž prý četl spis. Soudkyni také zarazilo, že Němec o spis požádal po telefonu. Vzhledem k probíhajícímu porozsudkovému řízení mu ho soudkyně nepůjčila. "Ministr pak podal stížnost pro porušení zákona, aniž viděl spis," uvedla soudkyně. Odsouzení měli podle rozhlasu rozhodnutí o přerušení trestu v ruce dříve, než o tom věděla soudkyně.

Ministr Němec v obou případech využil svého práva a podal k Nejvyššímu soudu stížnost pro porušení zákona, ke kterému mělo dojít nedostatečným posouzením důkazů. Radiožurnálu Němec řekl, že podle trestního řádu může podávat stížnosti pro porušení zákona nejen proti pravomocným rozsudkům, ale i proti jiným pravomocným opatřením v průběhu trestního řízení.

Ministerstvo: když jsou pochyby, podáváme stížnost

Mluvčí ministerstva spravedlnosti Petr Dimun odmítl, že by byl postup ministra Němce nestandardní. "Pokud je někdo odsouzen k trestu odnětí svobody a jsou zde pochybnosti o správnosti postupu soudu, tak ministr vždy podává stížnost pro porušení zákona a v drtivé většině dočasně přerušuje či odkládá trest," řekl Dimun k případu odsouzených za obchody s lehkými topnými oleji.

"Zásadně nesouhlasíme s interpretací Českého rozhlasu, že pan ministr zasáhl nestandardně do soudních řízení. Odmítáme toto tvrzení," prohlásil Dimun. Doplnil, že vše je v souladu se zákonem, který ministrovi určuje jeho pravomoci.