NBÚ je nyní předmětem politických diskusí i kvůli aféře někdejšího sekčního šéfa NBÚ Vladimíra Šišy, jenž je obviněn z korupce. Podle policie Šiša bral úplatky v souvislosti s kauzou konkurzů údajně zmanipulovaných ústeckým soudcem Jiřím Berkou.

Ředitel NBÚ Jan Mareš však prohlásil, že Šiša nemohl ovlivňovat průběh bezpečnostních prověrek. Policie uvádí, že má důkazy o pokusech zasáhnout do probíhajících prověrek. Jedním z hlavních důkazů proti Šišovi jsou odposlechy mezi ním a šéfy údajného konkurzního gangu Vladislavem Větrovcem a Janem Harangozzem. Podle policie Šiša za úplatek slíbil, že bude ovlivňovat průběh některých bezpečnostních prověrek.

Sněmovna má již několik kontrolních komisí. Poslanci působí v komisi pro kontrolu činnosti BIS, v komisi pro kontrolu činnosti Vojenského obranného zpravodajství a v komisi pro kontrolu použití operativní techniky Policie ČR, které se v politické hantýrce přezdívá "velké ucho".