Nacistický teror za protektorátu, který zanikl v květnu 1945, si vyžádal přes sto tisíc obětí. Hned na začátku okupace německá státní policie (gestapo) pozatýkala činitele sociálních demokratů a komunistů či německé emigranty.

Popravováni byli lidé za protinacistický odboj, také například za přechovávání protistátních letáků či za obchodování s potravinami mimo přídělový systém.

Mezi prvními popravenými podle směrnice o "zvláštním zacházení" (smrt bez soudního řízení) byli v listopadu 1939 studentští funkcionáři po pohřbu Jana Opletala, který se stal další demonstrací proti okupační moci.

Za nacistického protektorátu bylo v zemi popraveno minimálně 8200 lidí, na 70 000 Židů deportovaných v té době z českých zemí zemřelo v koncentračních a vyhlazovacích táborech a nejméně 3400 osob zemřelo jako nuceně nasazení na práci v Německu.

Obětí nacistického teroru se staly i celé vesnice, z těch nejznámějších Lidice a Ležáky, jež byly nacisty vypáleny v roce 1942 po atentátu na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha.