Ministrem životního prostředí byl v letech 1991 až 1992 ve vládě Petra Pitharta. Za zhruba rok a půl se mu tehdy podařilo prosadit a dokončit úplný systém ekologické legislativy, zejména klíčový zákon o ochraně přírody a krajiny.

Počátkem normalizace byl dvakrát vězněn za podvracení republiky a za politické postoje v průběhu výkonu základní vojenské služby. V žaláři strávil celkem čtyři roky. Hned v roce 1977 podepsal Chartu, ve které vedl environmentální skupinu a vydával Ekologický bulletin.

Na aktivitách politického disentu se podílel i jinak. Rok ve svém bytě hostil tzv. Patočkovu univerzitu, kde se mohli vzdělávat lidé, kterým komunistický režim z politických důvodů bránil ve vysokoškolském vzdělání. Studium na Vysoké škole zemědělské mohl Dejmal dokončit až po roce 1989.

Po odchodu z ministerstva působil Dejmal jako tvůrce územních plánů a ekologických studií. Do širšího povědomí opět vstoupil v roce 2000 uspořádáním konference Tvář naší země - krajina domova, na niž poslal svůj příspěvek i britský princ Charles.

Loni v prosinci byl zvolen místopředsedou rady nově vzniklého Ústavu pro studium totalitních režimů.