Článek
Velmistr řádu sv. Jana byl podřízen pouze papeži, což nelibě nesli ostatní církevní hodnostáři, zejména maltští biskupové. Ač nový kostel svou velikostí i nádherou předčil mdinskou katedrálu, jejího postavení se mu nedostalo. Biskupové i katedrála zůstali v Mdině.
Chrám sv. Jana je majestátní, byť zvenčí poměrně prostá barokní stavba s bohatou vnitřní výzdobou. Podlaha je vyložena 369 mramorovými deskami, pod nimiž jsou uloženy ostatky rytířů. Každá z osmi lóží má svou kapli, v níž se snaží nádherou a nákladností předčít ty ostatní. Nejpůsobivější částí chrámu je ale mramorový hlavní oltář, vyzdobený zlatem a drahým kamením.
V kapli německé lóže je mj. náhrobní deska, pod níž podle nápisu odpočívá Francisco Sigismundo, Comiti de Thun, magno bohemiae priori. Kromě tohoto českého šlechtice jsou prý v kostele pohřbeni ještě další dva.
Pod ochranou svatojánských rytířů působil na Maltě dva roky Michelangelo Merisi, hledaný italskou justicí, neboť v zakázaném souboji zabil svého soka. Tento muž, známý spíše jako Caravaggio, namaloval na Maltě řadu svých děl, z nich nejproslulejší je Stětí Jana Křtitele. Toto plátno a řada dalších jsou k vidění v chrámovém muzeu, kde jsou rovněž staré rukopisné zpěvníky a ručně tkané goblény z Flander.