Na obtěžování a zneužívání studentů kněžského semináře arcibiskupem Paetzem upozornil před osmi lety polský tisk. Podrobně popsal, jak Paetz klerikovi anebo mladému knězi, jenž se mu zamlouval, navrhl vyřízení stipendia v Římě či jinou finanční podporu. Zprvu ho objímal a pak sexuálně obtěžoval. V případě, že protějšek protestoval, arcibiskup mu odvětil, že je to jen „řeč těla a náš pán je milostivý“. Ty, kteří nenašli odvahu protestovat, zahrnoval dvojsmyslnými dárky a sexuálními návrhy.

Když se záležitost dostala na veřejnost, Vatikán v roce 2002 Paetzovi zakázal vykonávat všechny církevní obřady. Zároveň ho přinutil odstoupit z úřadu poznaňského metropolity, načež Paetz odešel do důchodu.

Rozhodnutí, že může církevní obřady znovu vykonávat, vyvolalo pobouření v církvi. Poznaňský metropolita, arcibiskup Stanislaw Gadeck dokonce vyzval Vatikán, aby rozhodnutí dosavadní zákaz zrušit odvolal.

„Je známo, že Paetz má ve Vatikánu, kde působil v 60. a 70. letech, mnoho známostí. Odvolání zákazu vykonávat církevní obřady je však spojeno především s odchodem kardinála Giovanniho Battisty do důchodu, který zákaz hájil,“ napsal polský deník s odkazem na vatikánské zdroje.