Program grantové podpory i Program vyrovnávání příležitostí pro občany se zdravotním postižením jsou zacíleny na handicapované a na lidi s chronickými onemocněními.

NKÚ ministerstvu vytkl, že nedodrželo časový harmonogram, a připomněl, že pro neziskové organizace, které patřily mezi příjemce financí, je zdržení proplácení nebezpečné a bez dotací se pohybují na hranici přežití.

„Například v roce 2011 některé neziskovky ale na peníze čekaly až do července, přestože o výši dotací mělo být – podle harmonogramu ministerstva zdravotnictví - rozhodnuto nejpozději v únoru,“ upozornil NKÚ.

Pozastavil se rovněž nad kontrolou ze strany resortu. Třebaže v uvedených dvou letech podpořilo v programech 501 projektů, účelnost nakládání s penězi prověřilo ministerstvo pouze u dvou z nich. „To znamená, že zkontrolovalo jen 0,5 procenta z celkového objemu dotací. Veřejnosprávní kontrolu přitom resortu ukládá zákon,“ připomněli kontroloři.

Ministerstvo se ústy náměstka pro zdravotní péči Ferdinanda Poláka proti výtkám ohradilo s tím, že jde o formální pochybení, která "nemají dopad na transparentnost přidělování a efektivitu čerpání prostředků". Připomnělo rovněž, že s termíny bojují i ostatní resorty a problémy jsou dány zejména datem schválení státního rozpočtu a nedodržením podmínek ze strany žadatelů.