Černák byl obžalovaný z šesti vražd. Přiznal se pouze ke spoluúčasti na vraždě údajného policejního informátora Jozefa Filipa.

Byl obviněn rovněž z vraždy policisty Gustáva Slivenského, kterému po smrti uřízli hlavu a také z vražd čtyř členů podsvětí Jozefa Štefana, Pavla Lenharta, Milana Sipose a Emila Potásche. Z vězení si údajně objednal vraždu nepohodlného svědka Mariána Karcela.

Proces trval rok a před soudem vystoupily desítky svědků. Většina z nich vypovídala proti Černákovi. Soudní spis má přes 13 tisíc stran.

Soudní přelíčení se konala za mimořádných bezpečnostních opatření.