Annan byl prvním Afričanem tmavé pleti, který se ujal role generálního tajemníka OSN. Později působil například jako zvláštní vyslanec Spojených národů v Sýrii, kde hledal cestu k mírovému ukončení náboženského konfliktu.

V OSN začal pracovat v roce 1962, kdy působil v ženevské kanceláři Světové zdravotnické organizace. Do funkce generálního tajemníka byl navržen Radou bezpečnosti v prosinci 1996 a funkce se ujal 1. ledna 1997. Znovu byl zvolen o čtyři roky později.

Během svého působení se zaměřil především na boj proti viru HIV. Byl i kritizován, například za nerozšíření počtu členů Rady bezpečnosti. Po odchodu z funkce založil v roce 2007 neziskovou organizaci Nadaci Kofiho Annana.