V roce 1984 se Kožený poprvé oženil - s manželkou Dianou, po roce a půl se ale rozvedli. Absolvoval čtyřleté bakalářské studium na Harvard Extension School - obor komerční právo a obchod, později studoval i v Cambridgi u Bostonu.

V době studií v USA se seznámil se svou druhou ženou Cindel, dívkou z významné bostonské rodiny, a začal s ní pracovat v její firmě Legal Search. Vztah skončil tajnou svatbou proti vůli nevěstiných rodičů a narozením dcery Victorie. Se svou třetí ženou Luďkou, se kterou má dcery Brigitte a Jenny, žil od roku 1991 a svatbu slavili o pět let později v New Yorku. Vztah skončil rozvodem v červnu 2001. S přítelkyní Sophií se mu v prosinci 2003 narodila dcera Josephine.

V roce 1989 se stal zaměstnancem londýnské finanční firmy Robert Fleming, v dubnu 1990 se vrátil do Československa se třemi tisíci dolarů. Zde pracoval jako zaměstnanec společnosti Mikrochem, později jako poradce na Ministerstvu financí ČSFR.

Byl členem komise pro obchodní právo Legislativní rady federální vlády a týž rok založil Harvardský dividendový investiční fond (později HPH). V letech 1990-94 působil jako prezident a. s. Harvard Capital and Consulting.

V září 1995 získal irské občanství. Na podzim 2003 založil Občanskou federální demokratickou stranu a zveřejnil svůj záměr kandidovat ve volbách do Evropského parlamentu v červnu 2004 jako nezávislý pod heslem "Muž, který mění svět, a jistota lepšího života".

Od roku 1994 žije v zahraničí (nejprve ve Švýcarsku a USA), později přesídlil na Bahamské ostrovy.