Příčina smrti nebyla oznámena, ale Fowles trpěl dlouhotrvající chorobou, kterou mluvčí odmítla konkretizovat. V roce 1988 ho postihl srdeční záchvat a od té doby prý trpěl srdeční slabostí. Fowles zemřel ve svém sídle Lyme Regis v jihozápadní Anglii, kam umístil také děj své slavné knihy Francouzská milenka.

Příběhu o omezenosti viktoriánské morálky se chopila americká kinematografie a převedla ho na filmové plátno s Meryl Streepovou a Jeremym Ironsem v hlavních rolích. Film byl v roce 1981 nominován na Oskara. Fowles vydal v roce 1963 prvotinu Sběratel o mladém sběrateli motýlů, který unese a uvězní ve sklepě mladou dívku. I tato kniha byla zfilmována, a to v roce 1965.