Bondy se narodil 20. ledna 1930 jako syn generála československé armády. S Ivo Vodseďálkem reprezentoval Bondy na začátku 50. let první vlnu českého undergroundu (samizdatová edice Půlnoc). V 70. letech se stal pro jeho novou generaci uctívaným učitelem, který jí nabídl i tvorbu, s níž se mohla ztotožnit (především prózy Invalidní sourozenci a Sklepní práce).

Egon Bondy je autorem více než čtyř desítek básnických sbírek a poém, dvaceti prozaických prací, řady filozofických a politologických esejů. V poezii vytvořil vlastní program tzv. totálního realismu. Některé jeho básně byly zhudebněny skupinou The Plastic People of the Universe.

Spolu s Vladimírem Boudníkem patřil k nejbližším přátelům Bohumila Hrabala.

Na protest se přestěhoval do Bratislavy

V 60. letech Bondy vystudoval na Univerzitě Karlově filozofii a jeho studie Útěcha z ontologie z roku 1967 patří k nejčtenějším původním českým filozofickým textům druhé poloviny 20. století.

Do konce života byl nepohodlným intlektuálem. Nespokojený se změnami v české společnosti odešel do Bratislavy. Tam pokračoval v dosavadní práci, přednášel na vysokých školách, věnoval se literární tvorbě, ale hlavně až do nedávné hospitalizace své nejvlastnější filozofické disciplíně - ontologii.