Mlynář byl původně 5. dubna 2005, ještě jako ministr vlády Stanislava Grosse, obviněn, že "sobě opatřil výhodu při založení Testcom servisu". Vrchní státní zastupitelství pak rozhodovalo o jeho stížnosti a změnilo kvalifikaci činu. Mlynář měl podle nového obvinění "poskytnout jinému pomoc ke spáchání trestného činu", a tak se stát spolupachatelem zneužívání informací v obchodním styku a zneužívání pravomoci veřejného činitele.

"Vzhledem ke způsobu, jakým jsem byl ještě jako ministr vlády obviněn, a podezřelým okolnostem, které od počátku moje obvinění provázejí, jsem něco takového očekával. Fakt, že jsme se já ani moji spolupracovníci žádného protizákonného jednání na ministerstvu informatiky nedopustili, prokážu před soudem," komentoval tehdy Mlynář pro Právo rozhodnutí vrchního státního zastupitelství.

Šlo o provoz portálu

Exministr je stíhán společně s šéfem společnosti Testcom servis a někdejším ředitelem České televize Dušanem Chmelíčkem a náměstkem Testcomu Vítem Novotným. Policie navrhuje obžalovat i je.

Trestní oznámení podali na Mlynáře bývalý zaměstnanec ministerstva informatiky Milan Novák a politik Aleš Moravec. Ministerstvo na ně zase podalo oznámení za křivé obvinění a pomluvu.

Mlynář je obviněn kvůli tomu, že na společnost Testcom servis smluvně převedl provoz internetového Portálu veřejné správy. Jako poslanec přitom podle policie věděl, že vznik společnosti odporuje zákonu o majetku státu.

Podle jeho obhájce Tomáše Sokola z obvinění nevyplývá, jaká jednání mají být podstatou toho kterého trestného činu. Není v něm prý ani zmínka o tom, kdo by měl utrpět jednáním jeho klienta škodu či získat neoprávněný prospěch. "Finanční prostředky vložené státem do Testcomu se vrátily. Dokonce byl tento vklad zhodnocen v softwarové aplikaci vyvinuté za dobu dvou měsíců faktické existence této obchodní společnosti, takže nejen nedošlo ke škodě, ale sama tato činnost byla zisková," poznamenal před časem Sokol.

Na založení Testcom servisu vyčlenil Testcom 7,5 miliónu korun. Příspěvkové organizace ministerstev ovšem podle zákona nesmějí soukromé společnosti s ručením omezeným zakládat ani financovat. V únoru 2004 se Mlynář na požadavek ministerstva financí rozhodl Testcom servis zrušit. Také ministerstvo financí se domnívalo, že tato firma nebyla založena v souladu se zákonem. Podle Mlynáře byl názor jeho ministerstva opačný, ale ustoupil, aby nemusel jít proti ministerstvu financí do soudního sporu. Trvá však na tom, že Testcom servis byl založen s odkazem na právní výklad, který Krajský obchodní soud uznal. Testcom servis s.r.o. podle Mlynáře nikdy nebyl soukromou společností a byl vždy pod kontrolou a ve vlastnictví státu.