Populární herečka má šest dětí, z toho dvě adoptované. Dceru Agátu má z dvouletého manželství s režisérem Jiřím Hanychem. S druhým manželem, stavebním technikem Markem Navrátilem, má syny Cyrila a Vincenta. Společně také adoptovali Jana a Markétu. Kordula je dcerou nynějšího partnera Žilkové Martina Stropnického. Ten má z předchozího manželství tři děti - Annu, Františku a Matěje.

"Ne že bych neuznávala antikoncepci, ale přiznávám, že jsem už nepočítala s tím, že by se to mohlo povést," vysvětlovala své nečekané početí Žilková s tím, že očekávané miminko je neplánované, zato chtěné.