Jedná se o alternativu. Je na zvážení každého poplatníka, zda je pro něho výhodná a zda ji využije, nebo zůstane při tradiční evidenci, pro kterou se vžilo označení kniha jízd.

Příklad: Podnikatel – neplátce DPH má ve svém obchodním majetku osobní automobil. Používá ho pouze pro své podnikání a měsíčně s ním ujede průměrně 1000 km. Průměrná spotřeba činí 8 litrů benzínu na 100 km.

Jestliže vyjdeme z průměrné ceny benzínu podle vyhlášky 26,80 Kč za litr, snadno spočítáme, že na 1000 km spotřebuje 80 litrů, což činí 2144 Kč. Pro podnikatele je v tomto případě výhodnější použít paušální výdaj na dopravu 5000 Kč.

Pokud však projede měsíčně asi 2500 km, náklady spočítáme ve výši 5360 Kč (8 x 25 x 26,80 Kč). Paušál by pro něho byl méně výhodný než uplatnění prokázaných výdajů.

Jak plátce DPH

Podle předkladatelů novely uzákonění paušálu na dopravné mělo malé a střední podnikatele  zbavit administrativní zátěže. Skutečnost je ale jiná. U plátců DPH se nic nezměnilo.

Plátce musí nárok na odpočet prokázat na základě zákona o DPH a volba paušálu v dani z příjmů v tomto ohledu nic neznamená. Nejprůkaznějším způsobem doložení oprávněnosti  nároku na odpočet z jednotlivých daňových dokladů na nákup pohonných hmot tak zůstává i nadále kniha jízd.

Papírování se v tomto případě nijak nezmenší. Pokud však podnikatel málo jezdí, z hlediska výše daňových výdajů je pro něho paušál výhodnější.

Kolik vozidel lze mít na paušál

Paušální výdaj na dopravu lze použít pro vozidla kategorií M, N, L, to znamená pro osobní i nákladní vozidla, případně pro vozidla s méně než čtyřmi koly (např. motocykly).

Poplatník může pro své podnikání používat vozidel, kolik chce. Paušální výdaj však může uplatnit maximálně u tří vozidel. U čtvrtého a dalšího musí výdaje prokázat, tzn. vést knihu jízd. Není pravda, že paušál mohou využít pouze drobní podnikatelé, kteří mají maximálně tři auta, i když to bylo možná původním záměrem.

Paušál mohou využít i právnické osoby, například  společnosti s ručením omezeným a akciové společnosti, včetně těch největších.

Podmínky použití

Podnikatel, který vede daňovou evidenci nebo podvojné účetnictví, může využít paušál na dopravu za těchto podmínek:

1) Vozidlo používal k dosahování příjmů podle § 7 a  § 9 zákona o daních z příjmů, tj. příjmů z podnikání a jiné samostatné výdělečné činnosti  a příjmů z pronájmu. Zákon neumožňuje použít paušál k ostatním příjmům podle § 10.

2) Vozidlo nemůže přenechat k užívání jiné osobě, a to ani po část příslušného kalendářního měsíce. Nesmí ho tedy pronajmout či přenechat v rámci smlouvy o výpůjčce. Není ale na závadu, pokud spolupracující osoba  - manžel (manželka) řídí vozidlo, které je ve společném jmění manželů, nebo jestliže používají vozidlo výhradně ke služební činnosti zaměstnanci.
Pokud by však zaměstnanec používal vozidlo k soukromým účelům (tzv. manažerské vozidlo), zaměstnavatel nemůže uplatnit paušál na dopravu a vynaložené výdaje musí prokázat.

Příklad: Pan Kyncl koupil 1. 8. 2009 osobní auto, které používá pouze pro své podnikání. V říjnu půjčil na čtrnáct dnů na základě smlouvy o výpůjčce auto obchodní společnosti, kde je jednatelem, neboť její vůz byl v servisu. V roce 2009 uplatňuje paušál na dopravné.

Pan Kyncl si může uplatnit paušál 5000 Kč měsíčně za měsíce srpen, září, listopad a prosinec 2009. Za říjen si ho nárokovat nemůže, jelikož auto přenechal k užívání jiné osobě.

3) Paušál platí pro vozidlo, které má podnikatel v obchodním majetku nebo v nájmu (klasický nájem nebo leasing). Nesmí u něho uplatnit skutečné výdaje na pracovní cesty na základě knihy jízd, ani výdaje na parkovné.

Naproti tomu vedle paušálu může uplatnit další výdaje spojené s provozem vozidla v prokázané výši. Má-li například vozidlo v majetku, může jít o výdaje na opravy a údržbu včetně výměny pneumatik apod. Avšak pozor. Paušální výdaj nemůže použít poplatník, který vozidlo používá na základě smlouvy o výpůjčce.

Paušál se vztahuje i na vozidlo nezahrnuté do obchodního majetku. To je daňově ještě výhodnější. U něho totiž může kromě paušálu uplatňovat jako daňový výdaj i základní náhradu „kilometrovné“ (3,90 Kč za km), avšak správci bude muset prokázat kilometry ujeté pro služební účely. Nevyhne se tedy evidenci ujetých kilometrů při pracovních cestách.

Příklad: Pan Vacek používal za období od 1. října do 31. prosince 2009 pro své podnikání osobní auto, které neměl ve svém obchodním majetku. V těchto měsících s ním jezdil i soukromě. Podle své evidence ujel služebně 7400 km. Rozhodl se pro paušál na dopravné.

Protože pan Vacek používal auto rovněž pro svou soukromou potřebu, může si uplatnit krácený paušál 4000 Kč měsíčně. Vedle toho má nárok na „kilometrovné“ 7400 km x 3,90 = 28 860 Kč. Celkem si může dát do výdajů 40 860 Kč (28 860 + 12 000). Při kontrole musí správci daně prokázat, že ujel 7400 km pro služební účely.

Kombinace v průběhu roku

Vraťme se ještě k příkladu pana Kyncla. Za říjen si nemůže uplatnit paušál na dopravné, protože auto zapůjčil k užívání jiné obchodní společnosti. To jasně vyplývá ze zákona.

V zákoně ale už nenajdeme, jestli si může za říjen uplatnit výdaje v prokázané výši a tedy v rámci jednoho zdaňovacího období oba způsoby kombinovat. Ministerstvo financí s tím nesouhlasí.

Zastává stanovisko, že paušální výdaj na dopravu nebo prokázané výdaje jsou uplatňovány za celé zdaňovací období a je na poplatníkovi, pro který způsob se rozhodne. Pan Kyncl má smůlu.

Jiný kontroverzní případ však už není otázkou volby poplatníka. Ten si vozidlo pořídí a uvede do používání v průběhu kalendářního měsíce, například 15. února. Zákon stanoví, že paušální výdaj na dopravu se poskytuje za každý celý kalendářní měsíc. Paušál za únor tedy nepřichází do úvahy.

Můžeme v tomto měsíci upřít poplatníkovi právo na uplatnění prokázaných výdajů? V tomto případě ministerstvo financí odpovědnost za rozhodnutí přenáší na individuální posouzení správců daně. Z toho plyne, že by měl poplatník tento případ ve vlastním zájmu předem konzultovat se svým finančním úřadem.

Krácení paušálu a ostatních výdajů

Zákon v případě paušálu vychází z právní fikce, že poplatník užívá vozidlo výlučně k dosažení zdanitelných příjmů, pokud tak sám prohlásí, není-li prokázán opak. Jinak řečeno, správce daně by musel poplatníkovi prokázat, že nemluví pravdu, což nebývá snadné.

Pokud se tedy poplatník přizná, že používal silniční motorové vozidlo pouze zčásti pro své zdanitelné příjmy, může si dát do daňových výdajů jen část paušálu, a to 80 % z 5000 Kč, tedy 4000 Kč měsíčně. Vedle toho může dát do výdajů 80 % ostatních výdajů (například opravy, pojistné apod.). Vyplývá to z ustanovení § 25 odst. 1 písm. zp) zákona.

Jestliže použije vozidlo i k soukromým účelům jen v některých měsících, krátí se pouze výdaje za tyto měsíce. Roční odpisy však lze uplatnit výhradně ve výši 80 % (§ 28 odst. 6 zákona). Do výdajů nemůže uplatnit parkovné.
Není při tom vůbec  podstatné, v jakém skutečném poměru bylo vozidlo v kalendářním měsíci využito k podnikání, zda to bylo 80 % ze všech ujetých kilometrů, či zda to bylo více nebo naopak méně.

Zákonodárci však nadíleli v očekávání voleb ještě víc. Jestliže má poplatník kupříkladu tři auta a u jednoho přizná, že ho používal zčásti pro svou osobní potřebu, u zbývajících dvou může uplatnit nekrácený paušál 5000 Kč, i kdyby sám přiznal, že je využíval rovněž k osobní potřebě. Tento dárek vyplývá z § 24 odst. 2 písm. zt) zákona.

Příklad: Pan Vomáčka má ve svém obchodním majetku dvě vozidla. Jedno používal v  prosinci 2009 z 55 % pro svou soukromou potřebu. Druhé auto používal pro soukromou potřebu z 15 %.

Za prosinec 2009 si pan Vomáčka může uplatnit paušál na dopravné 5000 Kč a 4000 Kč, tj. celkem 9000 Kč. I když obě auta používal k soukromým jízdám, krácený nárok se uplatňuje jen u jednoho z nich. To platí i pro ostatní výdaje spojené s provozem vozidla.