EK upozorňuje především na skutečnost, že personální změny, které provedl ministr školství Josef Dobeš, můžou vést ke zpoždění čerpání peněž z Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace (VaVpI). Ten je přitom podle Bruselu klíčový pro konkurenceschopnost české ekonomiky. Dobeš nedávno odvolal Jana Vitulu, který měl na ministerstvu čerpání evropských peněz na starosti. Spolu s Vitulou odešla řada jeho podřízených.

EK upozorňuje, že operační program VaVpI je už nyní ohrožen, protože byl v minulosti schválen s ročním zpožděním. Podle Bruselu podstatná výměna managementu a dalších pracovníků „může zvýšit riziko", že Česko o evropské peníze z tohoto programu přijde. Situace v operačním programu VaVPI je podle EK kvůli krokům ministerstva „obzvlášť vážná".

Podobné riziko podle EK existuje i na ministerstvu vnitra. EK varuje, že pokud k rozsáhlým personálním změnám dojde i na ministerstvu životního prostředí, bude se riziko ohrožení přísunu evropských peněz týkat i tohoto úřadu.