Nejslavnějším Machoninovým dílem je dnes už legendární kniha "Československá společnost. Sociologická analýza sociální stratifikace", kterou vydal v roce 1969 se skupinou sociologů tehdy nastupující mladé generace. Zaplatil za ni dvaceti lety pronásledování komunistickým režimem. Na akademickou dráhu se mohl opět vrátit až po listopadu 1989.

Zpočátku obnovoval své výzkumné záměry z 60. let. Pracoval na projektu, který se zabýval sociální stratifikací a mobilitou české společnosti po roce 1989. Postupně se stále více orientoval na postkomunistickou transformaci a modernizaci společnosti a na sociální historii. V roce 1996 připravil do tisku spolu s Milanem Tučkem knihu Česká společnost v transformaci a je autorem jejích podstatných částí. Se svými kolegy publikoval výsledky svých výzkumů nejen doma, ale i v zahraničí.

Machonin získal světové uznání a byl zván na zahraniční kongresy. Jeho kolegové ho považovali za vynikajícího organizátora vědecké práce a za člověka s mimořádným citem pro vědeckou solidnost a lidskou poctivost. Byl oceněn několika čestnými vyznamenáními Akademie věd a Nadání Josefa, Marie a Zdeňky Hlávkových.