Článek
V budoucnu zamíří odebraný vzorek stolice do laboratoře. Pro podrobnou analýzu jeho bakteriálního složení vymyslel mezinárodní tým vědců nový postup využívající strojové učení.
Buňky jsou schopny signalizovat rakovinu
„Technologie je propojená s metagenomickými analytickými přístupy, které používáme v naší laboratoři. Umožňuje vytvoření předpovědního modelu, který určí, zda má daný jedinec vysokou pravděpodobnost výskytu kolorektálního karcinomu,“ sdělil Novinkám Nicola Segata z Univerzity v Trentu. Postup je sám o sobě revoluční, nicméně jeho vývoj není u konce.
Odborníci se nyní snaží zjistit, zda jsou některé z mikrobiálních druhů či kmenů ve stolici jen signálem nemoci, nebo jestli mají přímý vliv na vznik nádoru.
Souvislost mezi mikrobiomem, tedy bakteriemi ve stolici, a vznikem rakoviny tlustého střeva a konečníku zkoumají už několik let. Výzkumníci již potvrdili, že některé konkrétní bakterie mají schopnost narušovat buněčné procesy v lidském organismu a mohou tak postupně přispívat k rozvoji nádorů.
Zda je složení mikrobiomu (souboru všech mikroorganismů) ve střevě skutečnou příčinou nádoru, to není v tuto chvíli rozhodující. Cílem je vyvinout nástroj pro včasný záchyt onemocnění v běžné populaci. Zkoumání vzorků ze stolice by mohlo být doplňkovým vyšetřením ke kolonoskopii. Gastroenterologům pomůže při dosud běžném zkoumání střeva sondou. Při kolonoskopii by se díky testu mohli zaměřit na ta nejrizikovější místa.
Část vzorků dodala ČR
Dvě české kohorty, tedy soubory pacientů COLOBIOME a IIGM-CZ, přispěly do studie celkem 328 nově sekvenovanými vzorky, z toho 260 případy kolorektálního karcinomu. To představuje téměř polovinu všech nádorových vzorků v nové datové sadě, což byl klíčový faktor pro úspěšné vytvoření přesných předpovědních modelů pomocí strojového učení.
„Jsme hrdí na to, že jsme hráli v této studii tak důležitou roli. Naše COLOBIOME kohorta nabízí jednu z nejkomplexnějších klinických sad dat s podrobným určením rozsahu a stadia onemocnění u více než 200 pacientů,“ uvedla Eva Budinská z Recetoxu. Další vzorky pocházejí od skupiny pacientů, kterou koordinuje Ústav experimentální medicíny Akademie věd ČR s Univerzitou Karlovou a Italským institutem pro genomickou medicínu.
Kolorektální karcinom je třetím nejčastějším zhoubným onemocněním a druhou nejčastější příčinou úmrtí na rakovinu ve světě. Přibližně 60 procent pacientů je diagnostikováno až v pokročilém stadiu po vzniku metastáz. O vznikajícím novém postupu pro vyšetření střev informoval prestižní mezinárodní časopis Nature Medicine.
