Článek
K dnes nejvýznamnějším patří knihovna Strahovského kláštera premonstrátů v Praze, která vlastní přibližně 200 tisíc svazků včetně 3000 rukopisů a 1500 prvotisků. Pro badatele jsou k dispozici ale i menší a méně známé knihovny, třeba v augustiniánském klášteře sv. Tomáše na Malé Straně.
Strahovské knižní sbírky jsou uloženy ve dvou barokních sálech a v přilehlých depozitářích. Podstatnou část fondů tvoří staré tisky z let 1501 až 1800. Prvotisky s rukopisy se uchovávají v trezorové místnosti.
Svatotomášská knihovna dnes obsahuje téměř 22 300 knih, z toho polovina je v latině, čtvrtina v němčině a 21 procent v českém jazyce, řekl augustinián Juan Provecho. Knihovna nemá otevírací dobu, je možné se do ní dostat po domluvě s řeholníky, kteří každého ochotně provedou. Ukážou jim i tajnou skříň, kam se dříve schovávaly zakázané knihy, i obrovskou a starobylou "knihu knih" - jak Provecho nazývá katalog knihovny.
Na knihovně u sv. Tomáše se neblaze podepsal komunistický režim, z kláštera se tehdy stal domov důchodců a na knihovnu sedal prach. Z uzavřené místnosti se za 40 let režimu ztratily obrazy a bylo zničeno nebo ukradeno několik knih. V historickém srovnání to ale nebylo nic proti tomu, co se stalo za třicetileté války v 17. století. Švédové, kteří vtrhli do Prahy v roce 1648, odvezli do Stockholmu téměř všechny rukopisy i tisky, více než 5000 svazků.
Benediktinské opatství v Rajhradě
Nejvýznamnější moravská klášterní knihovna se nachází v benediktinském opatství v Rajhradě. Obsahuje kolem 65 tisíc svazků. Od 1. července 2005 je knihovna zařazena do prohlídkové trasy nově otevřeného Památníku písemnictví na Moravě.
Významná klášterní knihovnu spravují také premonstráti v západočeské Teplé. Nedávno vykoupila za desítky miliónů korun část zvláště chráněných knih a rukopisů z tepelského kláštera Národní knihovna (NK).
Na většině klášterních knihoven se negativně podepsaly husitské bouře na začátku 15. století. Vzácné listiny byly tehdy buď zničeny, nebo včas odvezeny do zahraničí. Středověké jádro si zachovalo minimum knihoven, jedna z nich je v Cisterciáckém klášteře ve Vyšším Brodě v jižních Čechách. Jak napsal časopis Grand Biblio, ve fondech knihovny se zachovaly cenné středověké iluminované rukopisy (204 pergamenových, 1200 dalších).
Kláštery trpěly mnoha požáry a pleněními. Další ránu způsobili švédští vojáci na konci třicetileté války. V roce 1648 zmizela na sever Evropy většina knižních sbírek ze Strahova i od sv. Tomáše. To je také důvod, proč dnes klášterní knihovny nesou znaky barokní architektury - rozkvět totiž zažily až v 18. století. K nejznámějším barokním knihovnám v ČR patří Klementinum, dnešní Národní knihovna.

Knihovna v Klementinu