Historie nádraží Vyšehrad se datuje do poloviny 19. století a to v souvislosti s vybudováním tzv. Pražské spojovací dráhy, která měla propojit nádraží na Smíchově se současným Hlavním nádražím. I když se zastávka nacházela na frekventované trase, veřejnosti sloužila pouhých 20 let. V květnu 1960 se stala stanice pouze výhybnou a od té doby je objekt nevyužívaný.

Pro tyto prostory se hledalo nejrůznější využití. Z nádražní budovy se mělo stát například multifunkční kulturní centrum, kde by probíhaly například přednášky. Poté ale byla budova prohlášena za kulturní památku a tím byly veškeré plány na rekonstrukci přerušeny.

V roce 2007 začala o budovu usilovat městská část Praha 2. Suma, kterou České dráhy požadovaly, byla ale příliš vysoká, a tak objekt odkoupila firma Tip Estate se zahraničním majitelem. Ta se později rozdělila a vznikla RailCity Vyšehrad, s.r.o.

„Investor RailCity Vyšehrad, s.r.o. měl pravomocné povolení k rekonstrukci historické budovy. To nevyužil a loni v březnu získal územní rozhodnutí a stavební povolení na dostavbu budov okolo a opět i na rekonstrukci historické budovy. Dodnes stavět nezačal. Stavební úřad městské části se ho snaží k tomu donutit, ale jediná možnost je ukládání pokut,“ popsal Novinkám problém místostarosta Prahy 2 Václav Vondrášek.

Městská část považuje budovu za ostudnou a další problém vidí v tom, že se objekt snaží obsadit lidé, kterým nepatří. I přes provedené zabezpečovací práce objekt dál chátrá. „Do budovy zatéká, degradují dřevěné střešní konstrukce a také stropy nad přízemím. V jedné místnosti už to, pokud vím, spadlo a budova je opravdu ve vážném stavu,“ dodal místostarosta.