Potíže s registrací vozů nastaly už počátkem dubna a na několik dní zasáhly úřady v celé republice. V některých obcích se tvořily fronty, jinde úřady pracoviště registrace aut úplně uzavřely. Problémy způsobil přechod na nový systém v souvislosti se vstupem ČR do schengenského prostoru. Úředníci se totiž nemohli přihlásit do Schengenského informačního systému (SIS).

Ministerstvo vnitra udělilo za selhání registru pokutu dodavateli systému a také třem zaměstnancům ministerstva, kteří systém přebrali a špatně vyzkoušeli.

Technické problémy se později objevily ještě v registru vozů na Jarově v Praze 3, kde 28. dubna zkolabovaly počítače.

Česko se při vstupu do Schengenu zavázalo, že nebude registrovat vozidla, která jsou v SIS vedena jako odcizená. Úředníci proto musí při registraci ověřit, zda se přihlašované vozidlo nenachází v systému SIS. Dokud úřad tuto informaci neobdrží, nedovolí systém auto do registrace zařadit. Úkon, který dříve trval pár minut, se proto kvůli problémům se systémem výrazně časově prodloužil.