Ntaganda čelí obvinění z válečných zločinů, vražd, znásilňování, ale také z využívání dětských vojáků. Obvinění popírá. Do rukou spravedlnosti se vydal sám a je prvním, kdo se sám vydal přímo ICC.

Během konfliktu v Kongu a Rwandě několikrát změnil strany, velel vzbouřencům i vládním vojskům.

V poslední době byl podezírán, že stál za konžských vzbouřeneckým hnutím M23, které bylo aktivní na jihovýchodě země a bylo podporované z Rwandy. Hnutí se ale rozštěpilo kvůli možnosti jednat o příměří.

Hlavní žalobce ICC Fatou Bensouda Ntagandův krok uvítal: „Je to šťastný den pro oběti v Demokratické republice Kongo a pro mezinárodní spravedlnost. Dnes se ti, kdož dlouho strádali rukou Boska Ntagandy, mohou těšit z budoucnosti i z toho, že bude nastolena spravedlnost.“