Článek
Karadžić byl obžalován z válečných zločinů a genocidy v Bosně v první polovině 90. let. Je považován za hlavního iniciátora a viníka válečných zločinů, kterých se srbská strana za války dopustila.
Šlo zejména o jeho odpovědnost za masakr ve Srebrenici, při němž Srbové povraždili přes 8000 muslimských mužů a chlapců. Karadžić stále tvrdí, že o masakru nevěděl. Obviněn byl také z iniciování etnických čistek nebo z událostí při obléhání Sarajeva, kde zahynulo asi 10 tisíc lidí.
Svou vinu popírá, v odvolání poukázal na „věcná a procesní chybení“, jež podle něj vedla k jeho nesprávnému odsouzení. Navrhl proto zrušení rozsudku nebo aspoň snížení trestu.
Po skončení války se 13 let skrýval. Srbská policie ho dopadla v roce 2008. Proces začal v říjnu 2009 a trval téměř 500 dní.