Po studiích na Lékařské fakultě Univerzity Karlovy v Praze začínal v roce 1957 jako sekundář v Jablonci nad Nisou. O čtyři roky později nastoupil do pražského Ústavu klinické a experimentální chirurgie (později IKEM). V roce 1966 se podílel na první úspěšné československé transplantaci ledviny. Příjemcem byl Karel Pavlík, který žil s novou ledvinou tři roky.

Od konce 70. let se s týmem lékařů připravoval na transplantaci srdce. V jednom z rozhovorů uvedl, že před první transplantací srdce ho tehdejší ministr zdravotnictví Jaroslav Prokopec varoval, že pokud pacient zemře, bude ho to stát hlavu. Josef Divina z Ostravska, kterého operovali 31. ledna 1984, žil s novým srdcem 13 a půl roku.

Rudolf Sekava, kterého operovali jako třetího 23. října 1984, drží český rekord nejdéle žijícího člověka po transplantaci srdce.

Odvolání z vedení IKEM

Stál i u dalších programů v IKEM. Už v roce 1983 zde úspěšně transplantovali slinivku břišní.

Z IKEM odvolali Kočandrleho v roce 1990, bez zdůvodnění. Vzápětí zakotvil v prestižní americké vojenské nemocnici Walter Reed Army Medical Center, kde se léčí i prezidenti. V letech 1991 až 1993 tam vedl program kombinovaných transplantací slinivky břišní a ledvin. Také spolupracoval s cévní a srdeční chirurgií a přednášel na univerzitě.

Kardiocentrum v pražské Ústřední vojenské nemocnici (ÚVN), kvůli kterému se vrátil z USA, nebylo otevřeno. A tak v roce 1994 z ÚVN odešel a skončil tím prakticky i s chirurgií.

V roce 1996 kandidoval za ČSSD neúspěšně do Senátu. Do sociální demokracie vstoupil o dva roky později.

Jako lékař pacientům radil, jak zdravě žít, a sám jim šel příkladem. Nekouřil a rád sportoval. S manželkou Zdenkou vychoval dceru Petru a syna Vladimíra, hudebníka a šéfa české pobočky hudebního vydavatelství Warner Music.

„Pan profesor Kočandrle byl důležitou součástí IKEM, svou usilovnou prací se zasloužil o jeho nebývalý rozvoj, zásadním způsobem přispěl k zahájení a rozvoji českého programu transplantací srdce, ledvin a slinivky břišní. Byl to nejen skvělý a precizní lékař, ale také výborný manažer, učitel i člověk,” připomněl nynější ředitel IKEM Aleš Herman.