Pravidelné roční dotace krajům vyplývají z memoranda, které zástupci krajů podepsali s vládou Jana Fischera v roce 2009. Po dobu deseti let měly mít kraje zaručeno 2,6 miliardy korun. Podle ministra financí Miroslava Kalouska (TOP 09) ale není tato dohoda právně závazná.

Diskuse o dotaci pro rok 2013 trvají delší dobu. Zhruba 300miliónový výpadek financování pro letošní rok pokryly podle šéfa Odborového svazu dopravy Jaroslava Pejši z úspor ministerstvo dopravy, České dráhy, Správa železniční dopravní cesty a jednotlivé kraje.

Ročně kraje za objednávku vlaků zaplatí zhruba osm miliard korun. Příspěvek slouží k dorovnání prokazatelné ztráty z provozování osobní dopravy. Cena jízdenek totiž pokryje jen část nákladů, uvedl Petr Šťáhlavský, mluvčí Českých drah, ke kterým většina dotací na železniční dopravu směřuje.

Ztrátu z regionální dopravy zpravidla dopravcům hradí kraje, dálkovou železniční dopravu spolufinancuje z rozpočtu ministerstvo dopravy.